Sindirimin bu bölümünde karaciğerden salgılanan safranın görevi başlar. Safra yağların sindirimi bakımından önemlidir. Onikiparmak bağırsağına ayrıca pankreas bezi salgısı da akar. Pankreas salgısında tripsin, lipaz, amilaz gibi mayalar vardır. Tripsin proteinlerin, lipas yağların, amilaz nişastalı maddelerin sindirilmesini sağlar. Safra salgısı da lipasın etkisini arttırır.

Safra iyi akmazsa yağlar sindirilemez. Sindirilmemiş yağlar, proteinlerin üstünü kapladığından onların da sindirilmesini güçleştirir. Safranın antiseptik etki göstermesi de bağırsağı birçok zararlardan korur.
İnce bağırsaklar da bir çeşit özsu çıkarır. İçinde çeşitli organik, anorganik maddeler bulunan bu özsu, besinlerin bağırsak çeperinde emilmesini sağlar. Özellikle kalın bağırsaklar kesiminde bulunan mikropların sindirim üzerinde etkisi büyüktür. Normal olarak bağırsaklarda bulunan bu mikroplara bağırsak florası denilir.
Bu mikroplarla besinler arasında meydana gelen mayalanma, kokuşma olayları sindirim bakımından çok önemlidir. Flora bozulursa sindirim aksar, hastalıklar ortaya çıkar.